Что делать если не выплатили часть зарплаты при увольнении

Добрый день!
До сегодняшнего дня работала в транспортной компании. Уволилась из за очень не приятного инцидента. В компании введены штрафные баллы за некорректную работу сотрудников. Наказывают кошельком. При всем этом з/п черно-белая. Из которой 66,67 % составляет премия по черной. Во время моего административного отпуска (3 дня в апреле) девушка, замещающая меня, не совсем корректно выполнила мою работу. Все это вышестоящее руководство решило выяснить спустя два месяца, т.е. 1 числа июня. И.о. руководителя нашего филиала решил, что нужно наказать именно меня и со словами ничем тебе не могу помочь распределил штраф на меня в размере около 12 тыс. руб. Зная, что виноват другой сотрудник.
В это же день написала заявление. Отработала две положенные недели. Вчера получила расчет за июнь и 2 дня июля+неотгуленный отпуск 11 дней ( пока только по белой части з/п) и была очень удивлена. Расчитали за июнь 3 тыс. с копейками и за 2 дня в июле практически такая же сумма. Как так? При том, что по договору белая часть составляет оклад в 9 тыс. руб. Стала перебирать все сканы отправленных рабочих табелей, которые предоставлял руководитель. Оказалось, что составил он только на период с 1.06 по 15.06 и с 1.07 по 04.07. Спрашивается куда делись две недели отработки?
Подскажите, пожалуйста, можно ли за такое как то наказать и как получить все, что положено в случае если руководство откажется исправлять эту ситуацию? Можно ли наказать за неправомерное распределение штрафа и заставить выплатить всю сумму, которой лишили?