Правила пребывания иностранных граждан в России

Гражданку Украины просят выехать на 90 суток
Здравствуйте. Год назад по приезду в РФ, гражданка Украины, в течение месяца получила патент на работу. Все оплачивалось и было в порядке. За 4 дня до окончания срока действия патента она выехала на территорию Украины, через 3 недели после этого заехала обратно. Пошли с ней на почту, я поставил ее на учет на 3 месяца.  Планируем расписаться и подать документы на вид на жительство.  На следующий день звонят с ФМС и говорят на каком это я основании ставлю ее на учет. Она должна была выехать на 3 месяца а не на 3 недели, хотят применить штраф.  Сотрудник ФМС ведь не прав? Она может находится сейчас 3 месяца?